Hijo de Gregorio, sacristán y maestro, y de Clementa. Su hermano Alejandro, cuatro años mayor, fue también sacerdote de Madrid. Ingresa con nueve años en el Seminario Menor de Alcalá, y termina sus estudios en el Conciliar de Madrid. Ordenado sacerdote el 3 de junio de 1928, cae enseguida enfermo, lo que le obliga a trasladarse, sin cargo alguno, a las Jerónimas de la calle Lista, donde Alejandro era capellán. Se dedica a la oración y a la lectura de los místicos españoles.

Allí conoce a Manuel Sanz (el hoy beato mártir Manuel de la Sagrada Familia), quien planeaba la restauración de los Jerónimos, que llevará a cabo en el monasterio de El Parral, en Segovia. Cipriano se entusiasmó con la idea de irse con ellos, pero no obtuvo el permiso del Obispo. Siguió con Alejandro en su nuevo destino de capellán de las Clarisas de San Pascual, del paseo de Recoletos, donde se dedicó a oír confesiones. Allí orientó la vocación de la hoy venerable sor Cristina de la Cruz de Arteaga (1902-1984), impulsora y fundadora de muchos monasterios de Jerónimas. Ella escribiría luego sobre la vida y martirio de don Cipriano.

Nombrado párroco de Villa del Prado, tuvo que regresar de nuevo a las Clarisas. En 1935, cuando estaba ya decidido a unirse a la nueva fundación jerónima en Alcalá, la obediencia lo lleva al lugar en el que subirá a su Calvario: la parroquia de El Pardo.

El 21 de julio de 1936 don Cipriano y su coadjutor, el joven sacerdote Joaquín, de 24 años, son apresados cuando, disfrazados con monos, trataban de coger un autobús. Pasaron treinta días en el calabozo municipal. Don Cipriano hacía largas horas de oración y alentaba a los compañeros de prisión con pláticas sugerentes y hasta festivas. El coadjutor ha contado que, cuando él se rebelaba a veces contra sus carceleros, Cipriano le decía: Hay que perdonar. Tenemos que estar dispuestos a lo que Dios quiera, a darle la vida si es preciso...

El 18 de agosto, de madrugada, milicias de Madrid llegaban al Pardo exigiendo que les entregasen al cura. Lástima que no tengas sotana - le dijeron. Él debió sentirlo también. Lo subieron en un coche por la áspera cuesta del Cristo del Pardo. Junto a los Capuchinos está la capillita del cementerio, frente a la que lo situaron. Los mismos asesinos contaron que les dijo que los perdonaba de corazón. Y, luego: Ahora dejadme que me recoja un momento con mi Dios. Arrodillándose con el rosario en las manos, alzó los ojos al cielo unos instantes. - ¿Estoy así bien colocado? Le respondió una descarga cerrada. Ya en tierra don Cipriano añadió: Podéis tirar todavía... no me habéis matado. Y recibió el golpe de gracia.

Sor Cristina y don Alejandro se preocuparon de recuperar el cuerpo de Cipriano, que hoy descansa en la cripta del monasterio de las Jerónimas, en el Goloso.